一、自然风险
远洋渔业作为大农业的一部分，是采掘海洋中流动的渔业资源的产业，极易受天象气候、海洋洋流等自然条件影响。海洋气象经常风云突变，对海洋冷暖潮流和水温盐度分布影响极大，特别如“厄尔尼诺”、“拉尼娜”、季风、台风等现象发生，会使渔场、渔汛时间规律发生变化，直接影响捕捞效能和生产安全。落后国家和地区存在传染性疾病等也会对人员安全和生产经营产生严重干扰。
二、法律风险
远洋渔业通常在公海或他国经济专属区水域进行捕捞作业，需要遵守联合国《海洋法》等国际公约以及所在国渔业法律法规。由于国际海域划界多以海底地貌为依据，由于洋流上下剧烈涌动中富含微生物吸引大批鱼类觅食，大批渔船经常聚集在界线附近捕鱼作业，稍有不慎会误入他国水域而触犯渔业国际公约或他国渔业法规。随着有些国家政府更叠会经常修改渔业法规，如不及时了解采取措施就会发生涉外法律事件而发生影响国家形象的重大政治事件和船舶人员被抓扣停产等经济损失。
三、政治风险
过洋性渔业通常集中于西非、南太等不发达国家。这些国家经济发展落后，政治不稳定，经常发生动乱、战争，政府更换频繁、政策多变。有些国家或地区社会治安差，海盗、抢劫活动猖獗，政府官员腐败、高额索贿，渔业管理混乱，无故抓扣渔船和船员进行敲诈勒索事件时有发生，严重干扰正常生产经营，给企业造成重大经济损失。
四、经济风险
远洋渔业属高投入产业，建造或购买一艘渔船少则几百万多则上亿人民币，境外设立项目从考察、立项到运作先期投入很大。因渔业资源流动性、气候变化随机性、船舶和网具技术适用性、地区政治环境可变性、燃油和人工成本波动性及船员和管理人员素质等都直接影响生产经营效果，投资风险很大。
五、管理风险
开设和维持远洋渔业项目运作即要符合中外两国法律，还要有效掌控生产经营主动权，必须正确确定双方或多方持股比例并规范自然人持股行为，还要采取多种监控措施防止境外资产管理失控发生转移流失。因此从考察项目、选择合作伙伴、聘任合格的经营管理者、确保资金财务安全流动、维护经营环境等各方面都要投入较大的精力和积累一定经验，才能有效控制远洋渔业的管理风险。
六、市场风险
在国际市场范围内进行远洋渔业经营运作，必然会面临境内外汇率、税收、市场准入、技术壁垒等多重风险。远洋渔业产品销售多是面向欧、日等多个国际市场，结算货币有人民币、美元、欧元、日元等多种国际货币。国际货币汇率变化直接影响远洋渔业资产价值、销售收入和利润。在产品加工销售方面，不同国家和地区有不同的市场准入条件和技术壁垒限制，必须投入成本加以适应。根据市场变化，产品销售要在不同市场调剂产品配比，及时调整产品销售窗口，尽量规避市场风险，才能争取销售收入最大化。
